בפרק ג' ממסכת מגילה מדברת המשנה על קדושת בית הכנסת ודיניה וסדר קריאות התורה בכל הזמנים והמועדים. וכתב התוספות יום טוב: איידי דתני קריאת המגילה ראה רבינו הקדוש לסדר עמהם קריאת ספר תורה שגם הוא מתקנת הנביאים, ולפי שקריאתם בצבור ובבית הכנסת ראה לסדר תחלה קדושת בית הכנסת ודיניה.

והנה בקדושת בית הכנסת ומה שבתוכו, כגון ספרי התורה והנביאים, ארון הקודש, הבימה וכו', ישנן כמה דרגות קדושה, וכיון שיש לנו כלל "מעלין בקודש ואין מורידין", אי אפשר למכור דבר שקדושתו גדולה יותר ולקנות בדמיו דבר שקדושתו פחותה ממנו. אבל להיפך – למכור דבר שקדושתו פחותה ולקנות דבר קדוש יותר – מותר.

ולכן: מותר למכור נביאים כדי לקנות ספר תורה, אבל אסור למכור ספר תורה כדי לקנות נביאים. מותר למכור בית כנסת כדי לקנות ארון קודש לספר תורה ["תיבה" בלשון המשנה], אבל להיפך אסור.

גם כשמותר למכור בית כנסת, אסור למכרו אם יעשו במקומו מרחצאות, מקום כביסה, או בורסקי [מקום עיבוד עורות], משום כבוד המקום.

וגם אם חרב בית הכנסת, צריכים לנהוג כבוד במקום: "ועוד אמר רבי יהודה, בית הכנסת שחרב, אין מספיקין בתוכו, ואין מפשילין בתוכו חבלים [והוא הדין שאר מלאכות. רע"ב], ואין פורשין לתוכו מצודות [לצידת חיות או עופות], ואין שוטחין על גגו פירות [לייבוש], ואין עושין אותו קפנדריא [לקצר את דרכו דרך ביהכ"נ], שנאמר (ויקרא כו) "והשימותי את מקדשיכם" – קדושתן אף כשהן שוממין. (פרק ג' משנה ג').

כתב החיי אדם (כלל יז): קדושת בית הכנסת ובית המדרש גדולה מאוד ומוזהרים עליהם לירא ממי ששוכן בהם כדכתיב (ויקרא יט) "ומקדשי תיראו", ולא בית המקדש בלבד אלא כל מקום המקודש ובית המדרש נקרא מקדש מעט כדכתיב (יחזקאל יא) "ואהי להם למקדש מעט" אלו בתי כנסיות ובתי מדרשות (מגילה כט.). וכתבו הפוסקים דמצוה זו לירא מן המקדש נוהג בבית הכנסת ובית המדרש מדאורייתא, עיין ספר יראים סימן שצ"ח, ולכן אסור לדבר בהם דברים בטלים ואין מחשבין בהם חשבונות אלא של מצוה כגון קופה של צדקה וכדומה ומכל שכן שאסור שם בשחוק וקלות ראש. ועליהם נאמר (ישעיה א, יב) "מי בקש זאת מידכם רמוס חצרי" ומראה בעצמו שאין לו חלק באלהי ישראל. ובזוהר מפליג מאד בענשם רחמנא ליצלן וזה שאמר בזוהר כאילו אין לו אלוה.

וידועים דברי ה"אמרי אמת" מגור, שעדות המזרח ניצלו מן השואה בזכות כיבוד בתי הכנסת שלהם ושמירה מדיבור בעת התפילה וקריאת התורה.